ハーバード大学医学部の研究者が、計算生物学におけるGoogle DeepMindの優位性に挑戦するべく、希少遺伝病をより正確に診断するために設計された新しいAIモデルの「popEVE」を発表しました。
未知のヒト遺伝子変異が病気を引き起こす可能性を予測するAIモデル「popEVE」が登場、Google DeepMindのAlphaMissenseよりも優秀 - GIGAZINE
現地時間の2025年11月24日、ハーバード大学医学部の研究チームが希少遺伝病を診断するAIモデル「popEVE」に関する論文を学術誌のNature Geneticsで発表しました。popEVEはプロテオーム全体にわたって変異の重症度を較正することで、発達障害の新たな候補遺伝子123個を特定することに成功しました。
未知のヒト遺伝子変異が病気を引き起こす可能性を予測するAIモデル「popEVE」が登場、Google DeepMindのAlphaMissenseよりも優秀 - GIGAZINE
popEVEは、Google DeepMindが開発した遺伝子変異の有害性を予測するAI「AlphaMissense」などの、既存のAIに根強く残る欠陥である「誤検知」を大幅に減らすことに成功しているという点でも優秀です。
未知のヒト遺伝子変異が病気を引き起こす可能性を予測するAIモデル「popEVE」が登場、Google DeepMindのAlphaMissenseよりも優秀 - GIGAZINE
⇧ 診断後のサポート体制とかが追い付かない感じですかね...
「ASRS v1-1」は、以下6つの質問に「全くない」「めったにない」「時々」「頻繁」「非常に頻繁」のいずれかで答えるものです。
1.物事を行なうにあたって、難所は乗り越えたのに、詰めが甘くて仕上げるのが困難だったことが、どのくらいの頻度でありますか。
2.計画性を要する作業を行なう際に、作業を順序だてるのが困難だったことが、どのくらいの頻度でありますか。
3. 約束や、しなければならない用事を忘れたことが、どのくらいの頻度でありますか。
4. じっくりと考える必要のある課題に取り掛かるのを避けたり、遅らせたりすることが、どのくらいの頻度でありますか。
5. 長時間座っていなければならない時に、手足をそわそわと動かしたり、もぞもぞしたりすることが、どのくらいの頻度でありますか。
6. まるで何かに駆り立てられるかのように過度に活動的になったり、何かせずにいられなくなることが、どのくらいの頻度でありますか。
⇧ 適材適所と言えなくもない質問もある気がするんだが...
マルチタスクな状況であれば、約束や用事を失念するリスクが高くなりますしな...
何と言うか、「ADHD（Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder：注意欠如・多動性障害）」を判断できるテストになり得ていない気がしてしまうのよな...
VagrantのRocky Linux 8.10のバグ解消されていないんか...公式のBoxイメージ壊れてる説
かなり前に、
⇧ 上記の記事の時に、「Vagrant」の「VirtualBox」向けの公式の「Rocky Linux 8.10」の「Box」イメージがバグっていた話があったのですが、流石に対応・改修されているかと思いきや、現場の環境（「Windows 11 pro」に「Vagrant」と「VirtualBox」をインストールしている）で試してみたところ、同じ状況でしたと...
どういうことかというと、「vagrant up」の途中で「ゲストOS」側のシェルに以下のメッセージが出力されてしまい「ゲストOS」側の処理が進まないのよ...
Minimal BASH-like line editing is supported. For the first word, TAB lists possible command completions. Anywhere else TAB lists possible device or file completions. grub>
ちなみに、「Rocky Linux」の公式で公開されているBoxイメージを利用しています。
⇧ 上記の年月日を見た限り、2024年4月29日から問題を抱え続けたまま放置され続けているということなのか...
う～む...、「Rocky Linux」の公式は、何がしたいのかよく分からない...
「ChatGPT」氏に質問してみたところ、以下のような回答が返ってきた。
🔥 発生していること
grub> が表示されるということは、GRUB が起動したが OS 本体（kernel や initrd）を読み込めなかった状態です。
つまり Box イメージの中に OS が正常に入っていない/壊れている 可能性が高いです。
🟥 よくある原因
1. Vagrant Box 自体の破損・不完全な配布
Rocky Linux 8.10 は比較的新しいため、公開されている Box がまだ正式に提供されていない or 不完全な状態の可能性があります。
→ 実際にこれまでにも Rocky Linux のバージョンアップ直後は 壊れた Box が配布されている例 がありました。
特に以下の場合に起こりやすい：
-
third-party が作った Box を使っている
-
box のダウンロードが中断され破損している
2. VirtualBox / Vagrant の互換性問題
Rocky Linux 8 系は古めのカーネルを使っており、VirtualBox のバージョンによっては起動に失敗することがあります。
例：
-
VirtualBox 7.0 系と一部の Rocky Box の相性問題
3. Box の OS ディスクが正しく紐付いていない
カスタム Box・自作 Box でよく起きる。
→ Vagrantfile 側の config.vm.provider :virtualbox で disk attachment がずれているなど。
✅ 解決策
✔ 1. Box を削除して入れ直す（破損対策）
✔ 2. 別の Box を使う（これが最も確実）
→ Rocky Linux 公式プロジェクトは Vagrant Box を提供していません。
→ 👍 bento (HashiCorp が以前公式で扱っていた)
→ 👍 sbeliakov の安定版
✔ 3. VirtualBox のバージョンを確認
→ VirtualBox 7.0.x で問題が出る場合があるため、6.1 系に戻すと動くケースが多い。
✔ 4. grub> から OS は復旧できる？
→ Box 自体が壊れているため、GRUB からの救出はほぼ不可能。
まぁ、特定の「VirtualBox」のバージョンでないと動作しないのであれば、
⇧ 上記の公式のサイトに記載があって然るべきだと思うのだが、記載が無いところを見るに、普通に破損したBoxイメージが公開され続けているということなのだろうか？
とりあえず、前の時も参考にしたのだが、
⇧ 同様の事象が「Mac」でも発生しているようなので、公開されている「Rocky Linux」公式の「Box」イメージの不具合という気がしてならない...
「Box」イメージを利用するにあたって、事前要件（prerequire）を記載してくれていないから、解決の仕様が無いのよな...
どうやら、
⇧「bento (HashiCorp が以前公式で扱っていた)」の「Box」イメージなら問題ないらしい...
# https://portal.cloud.hashicorp.com/vagrant/discover/almalinux/10-x86_64_v2
# IMAGE_NAME = "almalinux/10-x86_64_v2"
# IMAGE_VESION = "10.0.20250529"
# https://portal.cloud.hashicorp.com/vagrant/discover/almalinux/10
# IMAGE_NAME = "almalinux/10"
# IMAGE_VESION = "10.0.20250529"
# https://portal.cloud.hashicorp.com/vagrant/discover/almalinux/9
#IMAGE_NAME = "almalinux/9"
#IMAGE_VESION = "9.6.20250522"
# https://portal.cloud.hashicorp.com/vagrant/discover/almalinux/8
#IMAGE_NAME = "almalinux/8"
#IMAGE_VESION = "8.10.20251006"
#https://portal.cloud.hashicorp.com/vagrant/discover/bento/rockylinux-8.10
IMAGE_NAME = "bento/rockylinux-8.10"
IMAGE_VESION = "202510.26.0"
Vagrant.configure("2") do |config|
config.ssh.insert_key = false
config.vm.provider "virtualbox" do |v|
v.memory = 1024
v.cpus = 1
end
# 踏み台サーバー用の仮想マシン
config.vm.define "jump-server" do |jump|
# # almalinux 9.6 だとOOM killerが発生するので
# jump.vm.provider "virtualbox" do |v|
# v.memory = 2048
# end
jump.vm.box = IMAGE_NAME
jump.vm.box_version = IMAGE_VESION
# ホストオンリーアダプター
jump.vm.network "private_network", ip: "192.168.56.10"
# 内部ネットワーク
jump.vm.network "private_network", ip: "172.25.50.10", virtualbox__intnet: true
jump.vm.hostname = "jump-server"
jump.vm.provision "shell", privileged: true, inline: <<-SHELL
# パスワードでSSH認証できるようにする
sudo cp /etc/ssh/sshd_config /etc/ssh/sshd_config.bk
sudo sed -i 's/^#\?PasswordAuthentication .*/PasswordAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
sudo sed -i 's/^#\?ChallengeResponseAuthentication .*/ChallengeResponseAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
# SELinux
sudo cp /etc/selinux/config /etc/selinux/config.bk
sed -i 's/SELINUX=.*/SELINUX=permissive/' /etc/selinux/config
SHELL
end
# postgresql（master）用の仮想マシン
config.vm.define "postgresql-master" do |postgresql|
postgresql.vm.provider "virtualbox" do |v|
v.memory = 2048
v.cpus = 2
end
postgresql.vm.box = IMAGE_NAME
postgresql.vm.box_version = IMAGE_VESION
# 内部ネットワーク
postgresql.vm.network "private_network", ip: "172.25.50.11", virtualbox__intnet: true
postgresql.vm.hostname = "postgresql-master"
postgresql.vm.provision "shell", privileged: true, inline: <<-SHELL
# パスワードでSSH認証できるようにする
sudo cp /etc/ssh/sshd_config /etc/ssh/sshd_config.bk
sudo sed -i 's/^#\?PasswordAuthentication .*/PasswordAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
sudo sed -i 's/^#\?ChallengeResponseAuthentication .*/ChallengeResponseAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
# SELinux
sudo cp /etc/selinux/config /etc/selinux/config.bk
sed -i 's/SELINUX=.*/SELINUX=permissive/' /etc/selinux/config
SHELL
postgresql.vm.provision "shell", privileged: true, reboot: true, inline: <<-SHELL
echo 'rebooting'
SHELL
end
# postgresql（master）用の仮想マシン
config.vm.define "postgresql-stanby" do |postgresql|
postgresql.vm.provider "virtualbox" do |v|
v.memory = 2048
v.cpus = 2
end
postgresql.vm.box = IMAGE_NAME
postgresql.vm.box_version = IMAGE_VESION
# 内部ネットワーク
postgresql.vm.network "private_network", ip: "172.25.50.12", virtualbox__intnet: true
postgresql.vm.hostname = "postgresql-stanby"
postgresql.vm.provision "shell", privileged: true, inline: <<-SHELL
# パスワードでSSH認証できるようにする
sudo cp /etc/ssh/sshd_config /etc/ssh/sshd_config.bk
sudo sed -i 's/^#\?PasswordAuthentication .*/PasswordAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
sudo sed -i 's/^#\?ChallengeResponseAuthentication .*/ChallengeResponseAuthentication yes/' /etc/ssh/sshd_config
# SELinux
sudo cp /etc/selinux/config /etc/selinux/config.bk
sed -i 's/SELINUX=.*/SELINUX=permissive/' /etc/selinux/config
SHELL
postgresql.vm.provision "shell", privileged: true, reboot: true, inline: <<-SHELL
echo 'rebooting'
SHELL
end
end
⇧ 上記内容で「vagrant up」したところ、非公式の「Box」イメージであれば動作しました。
いや、最早、「Rocky Linux」公式の意味ないやん...
とりあえず、動作しない「Box」イメージについては公開しないでもらいたいお気持ち...
セキュリティ云々以前に、動作しないものを公開し続けているというのは、いくら「OSS（Open Source Software）」だとしても管理が杜撰過ぎはしないか？
う～む...、一次情報が信用できない状況は何とかして欲しいのだが...
非公式の「Box」イメージを選択肢するしか無い状況というのは厳しいのよな...
とは言え、「Rocky Linux」公式の「Box」イメージが破損した状態で放置され続けているので致し方ないのだが...
何と言うか、動作しない「Box」イメージが公開されていることもあるというのが当たり前になるのは、誠に遺憾であるのよな...
「風紀粛清」をしろとまでは言わないが、動作しない「Box」イメージについては公開している側で何某かの対応をして欲しいのよな...
後は、「Vagrant」を使わずに、「VirtualBox」のみで対応する方法もあるが、なかなかに面倒ではありますな...
毎度モヤモヤ感が半端ない…
今回はこのへんで。
